Seperti tokoh USDP lainnya yang dianut oleh pemerintah NLD setelah pemilihan umum 2015, dia dekat dengan mantan jenderal Shwe Mann. Shwe Mann adalah sekutu terdekat militer terdekat dari Penasihat Negara Aung San Suu Kyi, dan pernah menjadi anggota paling senior ketiga dalam pemerintahan militer sebelum 2011.
Meski Aung Ko tidak memenangkan kursi parlemen pada pemilihan umum 2015, pemerintah NLD mengangkatnya sebagai Menteri Agama dan Kebudayaan. Sebagai orang yang bertanggung jawab untuk melarang Asosiasi Patriotik anti-Muslim Myanmar-lebih dikenal dengan akronim Burma Ma Ba Tha-pada Mei 2017, ia memancing kemarahan kaum nasionalis Buddha.
Kelompok itu sering mengadakan demonstrasi dalam beberapa tahun terakhir untuk mendukung militer dan berada di balik banyak kampanye ujaran kebencian terhadap minoritas Muslim di negara itu.
Pada Maret 2017, Komite Sangha Negara, otoritas agama tertinggi negara itu, juga memberlakukan larangan dakwah selama satu tahun terhadap biksu ultranasionalis Wirathu setelah dia lewat media sosial, memuji pembunuh pengacara Muslim yang sangat dihormati, Ko Ni.
Sebagai tanggapan, pengikut Wirathu dan ultranasionalis lainnya mengadakan protes di Yangon dan Naypyitaw terhadap Aung Ko, menuduhnya lebih menyukai Islam daripada Buddhisme, dan menyerukan pengunduran dirinya, dan penggulingan pemerintahan NLD.
Selama wawancara eksklusif dengan Myanmar Now pada akhir 2020, Aung Ko menjelaskan bagaimana dia berhasil membubarkan Ma Ba Tha dan Yayasan Amal Buddha Dhamma, yang berganti nama baik melalui otoritas agama dan prosedur hukum.
Wirathu didakwa melakukan penghasutan pada Mei 2019, sehubungan dengan pidatonya pada 2021 yang berkomentar cabul tentang Penasihat Negara Myanmar, Aung San Suu Kyi.
Setelah hampir 18 bulan bersembunyi, dia menyerahkan diri ke polisi, hanya beberapa hari sebelum pemilihan umum tahun lalu. Aung Ko juga menghadapi tekanan dari militer karena kritiknya terhadap kepolisian.
Pada acara lintas agama di Yangon pada Januari 2020, dia menyarankan agar buronan nasionalis, seperti Wirathu tetap buron, karena pemerintah sipil tidak memiliki otoritas atas Kementerian Dalam Negeri yang dikendalikan militer, yang mengawasi polisi.
Juru bicara militer Brigadir Jenderal Zaw Min Tun meminta pemerintah untuk mengambil tindakan terhadapnya pada Februari 2020, terkait pernyataan ini, dan menuduhnya mencemarkan nama baik militer.