Tak berhenti di India, bangsa Portugis berlayar terus ke tenggara dan menemukan Indonesia.
Pada 1509, Portugis di bawah komando Diogo Lopes de Sequeira sampai ke Malaka.
Namun baru pada 1511, Portugis menaklukkan Malaka. Kejayaan Portugis di Malaka tak bertahan lama.
Portugis pun terus menjelajah "Kepulauan Rempah-rempah" hingga ke timur. Pada 1512, Portugis menemukan Maluku, pusat rempah-rempah.
Portugis segera bersekutu dengan Ternate, kerajaan setempat dan membangun benteng di sana.
Pada 1521, Spanyol tiba di Maluku setelah sebelumnya menemukan Filipina. Kedatangan Spanyol menjadi ancaman bagi Portugis.
Sebab saat itu Portugis memonopoli perdagangan di Maluku. Portugis dan Spanyol pun bersaing dengan memanfaatkan permusuhan kerajaan lokal.
Baca Juga: Selain Habis Gelap Terbitlah Terang, Berikut Deretan Buku Lain Berisi Surat RA Kartini
Selama hampir satu dekade, keduanya berperang. Spanyol bersekutu dengan Tidore untuk melawan Portugis yang bersekutu dengan Ternate.