Setelah berdirinya Kota Alexandria, peringkat Naukratis mulai menurun dari pusat perdagangan regional menjadi pusat lokal.
Tapi kota ini tetap penting. Para pedagang masih ingin mengunjunginya hingga seribu tahun berikutnya.
Ketika keadaan demografis dan ekonomi Mesir berubah, kota itu menurun, dan pada abad VII, kota ini ditinggalkan dan tertutup akibat banjir dari Sungai Nil.
Penggalian untuk mencari kota ini dimulai pada abad ke-19, tetapi lebih banyak penemuan dilakukan pada akhir dekade 1970-an.
Pada 2016, ekspedisi museum Inggris menemukan sisa-sisa kota di bawah tanah hitam sungai Nil.
Heracleion (Thonis)
Kota lain yang hilang di pantai Mesir, Heracleion (Thonis), adalah kota saudara dari Naukratis.
Sementara kerajaan Pharonic mulai memudar, Heracleion mulai berkembang sebagai pelabuhan utama Mesir, menjadi pusat barang dagangan global.
Legenda Yunani menceritakan bahwa kota itu dikunjungi oleh Pangeran Paris, Helen dari Troy dan Heracles, pahlawan Yunani yang juga putra Zeus. Itu sebabnya, nama kota ini diubah dari Thonis menjadi Heracleion.
Sama seperti Naukratis, Heracleion ditinggalkan setelah berdirinya Alexandria hingga menghilang di bawah air Mediterania.