Setelah membeli jalur Jakarta-Bekasi milik Bataviaasche Ooster Spoorweg Maatschappij (BOS) tahun 1899 dan Jakarta-Bogor milik NISM tahun 1913.
Setelahnya, SS melakukan penataan ulang jalur kereta api di Jakarta, salah satunya adalah pembongkaran Stasiun Boekitdoeri eks-NISM dan membangun Stasiun Manggarai.
Pembangunan Stasiun Manggarai dimulai tahun 1914 yang dipimpin oleh arsitek Belanda bernama Ir. J. Van Gendt.
Selain stasiun dibangun pula balai yasa dan rumah-rumah dinas pegawai SS. Pada 1 Mei 1918 Stasiun Manggarai diresmikan.
Sebenarnya pada waktu peresmian masih jauh dari selesai, karena sang arsitek, Van Gendt merancang tiang peron berbahan baja.
Namun karena Perang Dunia I bergejolak, pasokan baja dari eropa tidak datang sehingga digunakan kayu jati sebagai pengganti tiang peron.
Bertepatan ulang tahun ke-50 SS, perusahaan ini mengoperasikan kereta listrik pertama kali dengan lintas Jakarta-Tanjung Priuk.
Baca Juga: Kereta Api Pakistan Tabrakan, 40 Penumpang Tewas, Ratusan Terjepit di Gerbong
SS melanjutkan proyek elektrifikasi sampai Stasiun Manggarai yang rampung pada 1 Mei 1927.