JE bisa menyebabkan kematian, angka kematian akibat JE berkisar antara 5 – 30%.
Angka kematian ini lebih tinggi pada anak, terutama anak berusia kurang dari 10 tahun.
Jika bertahan hidup, bisanya penderita seringkali mengalami gejala sisa (sekuele), antara lain gangguan sistem motorik (motorik halus, kelumpuhan, gerakan abnormal); gangguan perilaku (agresif, emosi tak terkontrol, gangguan perhatian, depresi);
atau gangguan intelektual (retardasi); atau gangguan fungsi neurologi lain (gangguan ingatan/memori, epilepsi, kebutaan).
Sampai saat ini belum ada obat khusus untuk menyembuhkan penyakit ini, hanya dapat mengurangi gejala (mencegah perburukan kasus).
Oleh karena itu, upaya pencegahan sangat penting. JE dapat dicegah dengan pemberian imunisasi dan menghindari gigitan nyamuk (vektor penular JE).***