Tak lama kemudian Elkan kembali masuk memperkuat Timnas Indonesia di Piala AFF 2020.
Gemilang, dia mencetak satu gol saat melawan Malaysia. Saat itu Indonesia keluar sebagai runner-up di Piala AFF 2020 karena kalah dari Thailand di laga final.
Dia menjadi salah satu pemain Indonesia yang beruntung karena masuk dalam skuad yang berlaga di laga FIFA Matchday melawan Argentina.
Elkan pun memperkuat timnas saat berlaga melawan Palestina, Burundi hingga Curacao.
Malam ini, Selasa, 12 September 2023, Elkan Baggot dkk akan bertanding melawan Turkmenistan di babak kualifikasi Piala AFF U23.
Perlu diketahui, Elkan Baggott bukan pemain naturalisasi, karena dia memilih untuk menjadi Warga Negara Indonesia (WNI) saat berada diusia dibawah 20 tahun.
Elkan bahkan sudah memegang Kartu Tanda Penduduk (KTP) Indonesia, usai melakukan proses pembuatan pada 9 November 2021.