Dengan bekal pendidikan akuntansi yang dimilikinya, pada tahun 1985 ia memasuki dunia perbankan dengan menjadi Assistant of Vice President of Corporate Banking Group Citibank.
Pada 2003 - 2005 ia menjadi Wakil Direktur Utama PT Bank Danamon Indonesia Tbk.
Dia pernah menjabat sebagai Presiden Direktur PT Niaga Factoring Corporation.
Sebelum menjabat sebagai Direktur Utama di PT Garuda Indonesia, ia pernah menjabat sebagai Direktur Keuangan PT Garuda Indonesia pada 2003.
Ia mulai menjabat sebagai Direktur Utama pada 22 Maret 2005
Emirsyah tercatat menjadi Direktur Utama Garuda sejak 21 Maret 2005 hingga 11 Desember 2014. Emirsyah ditunjuk menggantikan Indra Setiawan.
Pada 8 Desember 2014, ia mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Direktur Utama Garuda Indonesia.
Pengunduran diri Emirsyah lebih awal dari jadwal, karena sebenarnya jabatannya baru berakhir pada 22 Maret 2015.
Alasan utamanya adalah, ia ingin memberikan kesempatan kepada manajemen baru untuk bekerja sejak awal tahun.
Diduga Terima Suap Lebih dari Rp 20 Miliar