Pathaan adalah agen RAW yang menghilang selama 3 tahun.
Teroris berhasil menangkapnya saat menjalankan misi terakhir.
Siksaan demi siksaan Pathaan dapatkans, saat para teroris mencoba mengulik informasi darinya.
Mencoba bertahan akhirnya Pathaan berhasul melarikan diri.
Disisi lain Deepika Padukone adalah seorang agen rahasia yang sedang memburu gembong narkoba bernama Shabir Ansari (John Abraham).
Berbagai upaya dilakukannya namun selalu gagal menangkap dan menemukan bukti tentang Shabir.
Polisi wanita ini akhirnya bergabung bersama Pathaan yang berperan sebagai agen pendamping.
Mereka memulai misi untuk menangkap para gembong narkoba yang berkeliaran termasuk Shabir.